整合性基因體資料庫之應用程式設計
Integrated genome database programming
學期
115-1
學分
0
學分
當期課號
131016
永久課號
MDBI30015
開課單位
生物醫學資訊研究所
授課教師
黃彥華
校區
陽明
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週五 |
|---|---|
3 10:10–11:00 | 整合性基因體資料庫之應用程式設計 YR102（陽明） 2 節連堂 |
4 11:10–12:00 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
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先修科目
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備註
無備註
教學方式
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評分方式
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課程大綱
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週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction to Ensembl DB and browser families |
| 第 2 週 | Ensembl browser and Apache web server (1) |
| 第 3 週 | Ensembl browser and Apache web server (2) |
| 第 4 週 | Revisit of GenBank file format – file and devices |
| 第 5 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (1) |
| 第 6 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (2) |
| 第 7 週 | BioMart |
| 第 8 週 | PyEnsembl (1) |
| 第 9 週 | PyEnsembl (2) |
| 第 10 週 | TCGA data analysis – SVR, L1, L2, and elasticnet regularization |
| 第 11 週 | Promoter modeling – NMT and self-attention |
| 第 12 週 | Genome annotation DB and MySQL– docker or VM |
| 第 13 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (1) – Rationale |
| 第 14 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (2) – Ensembl API |
| 第 15 週 | Ensembl gene biotypes |
| 第 16 週 | Final exam or Term report |
教科書
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Office Hours
- 地點
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- 時間
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- 聯絡方式
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